Berdasarkan Peraturan Bupati Kabupaten Belitung Nomor 55 Tahun 2017 mengenai Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Belitung, UPT RSUD dr. H. Marsidi Judono Kabupaten Belitung dipimpin oleh seorang Direktur yang membawahi 1 (Satu) Bagian Tata Usaha dan 3 (Tiga) Kepala Bidang.

Susunan Organisasi UPT RSUD dr. H. Marsidi Judono Kabupaten Belitung terdiri dari :

1. Direktur
2. Bagian Tata Usaha terdiri :
   1. Sub Bagian Umum
   2. Sub Bagian Pelaporan dan SIM RS
   3. Sub Bagian Kepegawaian dan Diklat
3. Bidang Pelayanan terdiri dari :
   1. Seksi Pelayanan dan Promkes
   2. Seksi Penunjang Medis
4. Bidang Keperawatan terdiri dari :
   1. Seksi Ketenagaan dan mutu Pelayanan Keperawatan
   2. Seksi Logistik Keperawatan
5. Bidang Perencanaan dan Keuangan terdiri dari :
   1. Seksi Perencanaan dan Anggaran
   2. Seksi Keuangan dan Akuntansi
6. Instalasi Rawat Jalan
7. Instalasi Gawat Darurat
8. Instalasi Rawat Inap
9. Instalasi Bedah Sentral
10. Instalasi Laboratorium
11. Instalasi Radiologi
12. Instalasi Farmasi
13. Instalasi Rekam Medik
14. Instalasi CSSD
15. Instalasi Gizi
16. Instalasi Laundry
17. Instalasi Pemulasaran Jenazah
18. Instalasi Sanitasi
19. Instalasi Pemeliharaan Sarana & Prasarana Rumah Sakit (IPSRS)
20. Instalasi Rehab Medik